ケースバイケースですが、今回はヘッダファイルの変数にstatic修飾子を付けるとシンボルの重複が解消されて直りました。
#ifndef STDDISPLAY_H
#define STDDISPLAY_H
#include <FL/Fl_Text_Display.H>
static Fl_Text_Display *G_disp[3];
static Fl_Text_Buffer *G_buff[3];
static int G_outfd[3];
static pid_t G_pids[3];
void start_child(int);
void data_ready(int, void*);
void close_cb(Fl_Widget*, void*);
#endif