リスト同士を比較して差分を演算するコードの一例です。
千番単位で連番リストを作り、比較したいリストとの差集合を演算します。
# 連番リスト作成
list_num = [[str(x).zfill(5) for x in range(1000*thou +1,1000*thou +1001)] for thou in range(0,11) ]
# 比較リスト作成
list_compare_pre = glob.glob('/*.csv')
list_compare = [path.split('.')[0][-5:] for path in list_compare_pre]
# 欠番リスト作成
list_lack = list(set(list_num[0]) - set(list_compare))
list_lack.sort()