Fl_Input内のテキストを編集しようとした際にカーソルにずれがあることが発覚しました。このずれた位置からでないと正確に編集できません。
Mac版ExcelのVisual Basic Editorでも似たような現象があり、VBAからPythonに移行するきっかけとなりました。
今回も私にとっては一発レッド案件でしたが、フォントをデフォルトのFL_HELVETICAから日本語フォントに変更することで解消しました。
// main関数で設定
Fl::set_font(FL_HELVETICA, "Osaka");