[M1 Mac, Ventura 13.3.1, Xcode 14.3]
iOSとwatchOSをそれぞれ16.5.1、9.5.2にアップデートしたところWatch Appが消えてしまいました。Watch App with iOS Appの方は残っています。
自製Watch Appを全て消して再インストールしようとするとApple Watchを認識できないとか色々難癖を付けてきます。
結局Mac、iPhone、Apple Watchを全て再起動すると直りました。最初からそう言ってほしいものです。
この手のトラブルは以前から発生しているようでApple開発者フォーラムでも非難囂々です。ちなみにMacとiPhoneはUSBハブ経由ではなく直接つなぐ方がいいらしいです。