Windows10で作成したCSVファイルに余計な改行が含まれていたので下記コードで削除しました。
# file1,file2の設定は省略
with open(file1, 'r', encoding='shift_jis') as f1:
with open(file2, 'w', encoding='shift_jis') as f2:
rows = []
reader = csv.reader(f1)
for row in reader:
for i,v in enumerate(row):
row[i] = v.replace('\n', '')
rows.append(row)
writer = csv.writer(f2)
for row in rows:
writer.writerow(row)