[Ubuntu 22.04.1]
下記方法でLinuxからブートエントリを削除できます。
加えてWindowsのbcdeditコマンドでもエントリを削除する必要があります。ただしEFIファイル自体を消さない限り、根本的な解決になりません。
それでもBIOSから消えない場合は優先順位設定でDisabledにします。最初からそうするのが手っ取り早いです。ただし優先順位を変えても勝手に元に戻ることがあります。ASUSのマザボではそうなりました。
# エントリ番号3を削除
sudo efibootmgr -b 3 -B