pyenvを2.0.0にバージョンアップするとターミナル起動時に以下の警告が表示されるようになりました。
WARNING: `pyenv init -` no longer sets PATH.
Run `pyenv init` to see the necessary changes to make to your configuration.
調べたところpyenvコマンドのオプションが変更になったようです。
.bash_profileを以下のように変更すると警告は出なくなりました。3行目だけ手を入れてます。
export PYENV_ROOT="$HOME/.pyenv"
export PATH="$PYENV_ROOT/bin:$PATH"
eval "$(pyenv init --path)"
ちなみに以前はこのように記述していました。
eval "$(pyenv init -)"